- Статья поступила: 22.05.2017 г.
- DOI 10.26902/JSC20180213
- Просмотров: 426
©
Кадцын Е.Д.
1,2, Аникеенко А.В.
1,2, Медведев Н.Н.
1,2
1 Институт химической кинетики и горения им. В.В. Воеводского СО РАН, Новосибирск, Россия
2 Новосибирский государственный университет, Россия
Проведено полноатомное молекулярно-динамическое моделирование и анализ водных растворов природных осмолитов: триметиламиноксида (ТМАО), мочевины и их смеси при относительно малых (биологически релевантных) концентрациях. Недавно в работе (Smolin N. et al. PCCP. 2017. 19.
P. 6345) было отмечено, что в гидратной оболочке белка доля молекул ТМАО
существенно ниже, чем мочевины. При этом добавление мочевины приводит к
дальнейшему понижению доли ТМАО в гидратной оболочке белка. В данной работе
показано, что в двойных растворах в окрестности молекул мочевины всегда
наблюдается повышенная доля мочевины по сравнению с концентрацией в объеме. В
то же время доля ТМАО вблизи ТМАО такая же, как в объеме. В тройных растворах
ТМАО и мочевина ведут себя так же, как в двойных, т.е. они не оказывают
заметного взаимного влияния друг на друга. Это означает, что поведение молекул
ТМАО и мочевины в гидратной оболочке белка связано с белком, а не с их
взаимодействием друг с другом.
Ключевые слова: молекулярно-динамическое моделирование, водные растворы, триметиламиноксид, мочевина, осмолиты-протекторы, денатуранты