Ориентация молекул воды вблизи глобулярного белка

ЖСХ, т.62, №5, 2021, стр.745

Статья поступила: 23.11.2020 г.
Принята к публикации: 10.12.2020 г.
DOI 10.26902/JSC_id72868
Просмотров: 675

¹ Институт химической кинетики и горения им. В.В. Воеводского СО РАН, Новосибирск, Россия

² Новосибирский государственный университет, Россия

Изучена ориентация молекул воды в окружении глобулярного белка SNase. Показано, что среди молекул, находящихся в прямом контакте с белком, можно выделить два типа характерных ориентаций. Примерно 44 % из них направлены вектором ОН к ближайшему атому белка и образуют донорную водородную связь, а 20 % повернуты своим кислородом к ближайшему атому, а свои протоны направляют преимущественно от белка. Эти молекулы за счет формирования сетки водородных связей с другими молекулами воды инициируют ориентационные корреляции в окружении белка в пределах 0.45 нм. Более далекие молекулы воды располагаются относительно белка случайно. Для описания ориентации используется угол между вектором N, направленным от молекулы воды на ближайший атом белка, и характерным вектором молекулы воды, в качестве которого использованы направления OH, OL, а также дипольного момента D. Более детальную информацию об ориентациях дает двумерная диаграмма распределения P(cos(θ), φ) для направления вектора N в сферической системе координат, связанной с молекулой воды. Она дает однозначное описание ориентаций молекул воды и позволяет количественно рассчитать долю молекул с выделенной ориентацией.

Ключевые слова: молекулярно-динамическое моделирование, глобулярные белки, гидратная оболочка, ориентация молекул, поверхность раздела жидкостей

Импакт-фактор 2024 1.4
Срок опубликования 4 мес

Уважаемые авторы и подписчики “Журнала структурной химии”,
в свободном доступе
архив ЖСХ до 2021 года ("Номера").

Разместить рекламу в ЖСХ

Обзоры

Подать статью